Gimnazija se začela 1838.godine kad su tadašnje male samostanske škole ujedinjene u tri samostana (Zaostrog, Knin i Sinj) kao trostupnjevito Domaće učilište Franjevačke provincije Presvetog Otkupitelja. Od 1854. ono u cijelosti počinje djelovati u Sinju kao Javno više hervatsko gimnazije u Sinju pod upravom oo. franjevaca Presvetog Otkupitelja. Time je postalo prvom hrvatskom gimnazijom u Dalmaciji.

     Kasnije je Gimnazija nekoliko puta postizala i gubila pravo javnosti, izložena političkoj nesklonosti vlasti i razapeta između ograničenih mogućnosti i strogih državnih propisa i nerjetko pretjeranih zahtjeva. pak i kroz to vrijeme njezin utemeljitelj i vlasnik, stalno ju je nastojala unaprijediti, izgradila je za nju 1908. novu velebnu zgradu i školovala profesore. Konačno je 1939. škola, nakon djelomičnog, ponovno postigla cjelovito pravo javnosti pod pravim imenom Franjevačka klasična gimnazija u Sinju s pravom javnosti.

     Nakon Drugog svjetskog rata u Gimnaziji je nastupilo najteže razdoblje jer joj je nacionalizirana zgrada, više profesora je uhićeno, a neki su pogubljeni bez suđenja. Gimnazija je opet bila raspršena i tek je 1962. opet ujedinjena u Sinju pod nametnutim imenom Franjevačka srednja škola za spremanje svećenika. Za njezin donekle normalan rad izgrađena je u sklopu samostana nova zgrada, treća po redu.

     Od 1992. Gimnazija je ponovno u svojoj zgradi kod Alkarskog trkališta i ulazi u sustav školstva Republike Hrvatske kao privatna katolička škola pod svojim pravim imenom Franjevačka klasična gimnazija u Sinju s pravom javnosti. Otada osim sjemeništaraca ( kandidata za Franjevački red ) školuje i djevojke i mladiće koji se spremaju za različita svjetovna zvanja.